ดร.เดือนเด่น นิคมบริรักษ์ และคณะ จากสถาบันวิจัยเพื่อการพัฒนาประเทศไทย ได้ทำการศึกษา โครงการ การพัฒนาแนวทางอภิบาลระบบหลักประกันสุขภาพ  นำเสนอต่อสำนักงานวิจัยเพื่อการพัฒนาหลักประกันสุขภาพไทย  โดยมีสาระสำคัญ
          ประเทศไทยได้รับการยกย่องจากนานาประเทศว่าเป็นประเทศที่มีระบบประกันสุขภาพถ้วนหน้าที่มีประสิทธิภาพแม้จะมิได้เป็นประเทศที่ร่ำรวยแต่ก็สามารถให้การรักษาพยาบาลแก่ประชาชนทุกคนได้ อย่างไรก็ดี คนไทย65 ล้านคนยังได้รับสิทธิในการรักษาพยาบาลที่ต่างกัน เนื่องจากระบบประกันสุขภาพไทยประกอบด้วยกองทุนสุขภาพที่หลากหลาย  โดยมีสามกองทุนหลักได้แก่ กองทุนสวัสดิการรักษาพยาบาลข้าราชการ กองทุนประกันสังคม และกองทุนหลักประกันสุขภาพถ้วน
          เนื่องจากทั้งสามกองทุนดังกล่าวอยู่ภายใต้ความรับผิดชอบของหน่วยงานที่ต่างกัน กล่าวคือ กองทุนประกันสังคม อยู่ภายใต้การกำกับของสำนักงานประกันสังคม (สปส.) สังกัดกระทรวงแรงงาน กองทุนสวัสดิการรักษาพยาบาลข้าราชการ อยู่ภายใต้การบริหารจัดการของกรมบัญชีกลาง สังกัดกระทรวงการคลัง และ กองทุนหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ อยู่ภายใต้สำนักงานหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ (สปสช.) สังกัดกระทรวงสาธารณสุข การบริหารจัดการจึงมีลักษณะแยกส่วนทำให้การบริหารมีต้นทุนสูงที่เกินควรเนื่องจากมีค่าใช้จ่ายในการบริหารที่ซ้ำซ้อนและสิทธิประโยชน์ในการรักษาพยาบาลของผู้ป่วยภายใต้แต่ละกองทุนแตกต่างกัน
          ตัวอย่างเช่น ทั้งสามกองทุนต่างมีฐานข้อมูลผู้ป่วยและค่าใช้จ่ายในการรักษาพยาบาลที่ต่างกัน มีการคำนวณต้นทุนในการรักษาพยาบาลที่ต่างกันมีระบบการตรวจสอบการเบิกจ่าย หรือ การรับเรื่องร้องเรียนที่แยกส่วนกันการดำเนินการของแต่ละกองทุนอย่างเป็นเอกเทศนอกจากจะทำให้มีต้นทุนในการบริหารสูงแล้วยังส่งผลให้เกิดความเหลื่อมล้ำของสิทธิในการได้รับการรักษาพยาบาลอีกด้วย  ตัวอย่างเช่น โรคเดียวกันอาจมีอัตราการเบิกจ่ายที่ต่างกันทำให้ผู้ป่วยที่เป็นสมาชิกกองทุนสุขภาพที่มีอัตราการเบิกจ่ายสูงกว่ามีโอกาสที่จะได้รับการรักษาพยาบาลที่ดีกว่า  เป็นต้น
          นอกจากนี้แล้ว เนื่องจากกองทุนทั้งสามต่างเกิดขึ้นมาต่างกรรมต่างวาระกัน สิทธิประโยชน์ในการรักษาพยาบาลจึงต่างกัน ตัวอย่างเช่น ข้าราชการและครอบครัวได้รับสิทธิในการเลือกใช้สถานพยาบาลที่ร่วมโครงการได้ทุกแห่งทั่วประเทศ ในขณะที่สมาชิกประกันสังคม และ กองทุนหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ (สปสช.) สามารถใช้บริการรักษาพยาบาลได้เฉพาะสถานพยาบาลที่ขึ้นทะเบียนไว้ หรือ สมาชิกประกันสังคมต้องจ่ายเงินสมทบเพื่อที่จะได้มาซึ่งสิทธิในการได้รับการรักษาพยาบาลคำนวณเป็นเดือนละประมาณ 200 ว่าบาทในขณะที่ผู้ที่ได้รับสิทธิภายใต้กองทุนหลักประกันสุขภาพถ้วนหน้า และ กองทุนสวัสดิการรักษาพยาบาลข้าราชการได้รับสิทธิฟรี  อันเป็นเหตุให้มีการเรียกร้องของลูกจ้างภาคเอกชนที่จะเลิกจ่ายเงินส่วนนี้เพราะเห็นว่าตนต้องจ่ายเงินสองต่อคือ จ่ายภาษีรายได้ที่รัฐนำมาอุดหนุนกองทุนหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ และจ่ายค่าเบี้ยประกันอีก
          นอกจากนี้แล้ว ผู้ที่เข้ารับบริการรักษาพยาบาลโดยใช้สิทธิประกันสังคมและหลักประกันสุขภาพแห่งชาติมีความรู้สึกว่า ตนได้รับมาตรฐานการรักษาและการให้บริการที่ด้อยกว่ากลุ่มที่ใช้ระบบสวัสดิการรักษาพยาบาลข้าราชการ เนื่องจากการเบิกจ่ายค่ารักษาพยาบาลภายใต้สองกองทุนแรกเป็นระบบ"เหมาจ่ายรายหัว(per capitation)" ทำให้สถานพยาบาลมีแรงจูงใจที่จะลดต้นทุนในการให้บริการรักษาพยาบาลเนื่องจากได้รับการจัดสรรค่ารักษาพยาบาล ในอัตราที่เหมาจ่ายรายปีมาแล้ว ในขณะที่ในกรณีหลังเป็นระบบ"จ่ายตามจริง (fee for service)"ทำให้สถานพยาบาลสามารถเบิกจ่ายค่ารักษาพยาบาลที่ให้แก่ข้าราชการและครอบครัวได้ทุกครั้งโดยไม่มีวงเงินที่จำกัด อนึ่ง ที่ผ่านมา ได้มีความพยายามที่จะลดความเหลื่อมล้ำดังกล่าวโดยมีการเบิกจ่ายค่ารักษาพยาบาล เพิ่มเติมสำหรับโรคร้ายแรงหรือเรื้อรังให้กับโรงพยาบาลในโครงการของ สปส. และ สปสช.
          การศึกษาประสบการณ์ในต่างประเทศพบว่า การมีกองทุนประกันสุขภาพหลายกองทุนมิได้เป็นปัญหา หากการบริหารจัดการและการกำกับดูแลกองทุนเหล่านั้นจะอยู่ภายใต้หน่วยงานเดียวกัน  ซึ่งจะทำให้ไม่เกิดต้นทุนในการบริหารที่ซ้ำซ้อน และ หน่วยงานดังกล่าวสามารถกำหนด สิทธิประโยชน์ในการรักษาพยาบาล หลักเกณฑ์ในการเบิกจ่ายค่ารักษาพยาบาลและค่ายา  การคำนวณค่าเบี้ยประกัน คุณภาพในการรักษาพยาบาล ฯลฯ ที่เป็นมาตรฐานกลางขึ้นมา ซึ่งแต่ละกองทุนต้องปฏิบัติตามทำให้ไม่เกิดความลั่กลั่น
          ในขณะเดียวกัน คณะกรรมการฯ ก็สามารถผลักดันให้มีการเก็บค่าเบี้ยประกัน และ การกำหนดสิทธิประโยชน์ในการรักษาพยาบาลตามหลักการที่มีกองทุนหลักประกันสุขภาพแห่งชาติเป็นฐานตามที่ได้กล่าวมาแล้ว แม้การปฏิบัติภารกิจดังกล่าวอาจมีปัญหาอยู่บ้างเนื่องจากคณะกรรมการฯวไม่มีอำนาจทางกฎหมายรองรับ แต่เนื่องจากนายกรัฐมนตรีเป็นประธาน หากดำเนินการอย่างจริงจังก็สามารถบรรลุความสำเร็จได้เช่นกัน
          สุดท้าย คณะผู้วิจัยขอชี้แจงว่า การปฏิรูประบบประกันสุขภาพตามที่เสนอมาแล้วนั้น สามารถดำเนินการได้ทันทีแม้ยังไม่มีการปรับโครงสร้างองค์กรซึ่งเป็นกระบวนการที่ใช้เวลานาน รัฐบาลสามารถดำเนินการเพื่อลดต้นทุนในการบริหารจัดการและลดความเหลื่อมล้ำของสิทธิและการเข้าถึงการรักษาพยาบาลระหว่างทั้งสามกองทุนได้ผ่านคณะกรรมการร่วมสามกองทุนซึ่งมีนายกรัฐมนตรีเป็นประธาน  ซึ่งได้มีความพยายามที่จะสร้างมาตรฐานกลางในการรักษาพยาบาลบ้างแล้ว เช่น ในเรื่องของสิทธิประโยชน์ในการได้รับการรักษาพยาบาลกรณีฉุกเฉิน เป็นต้น